Στο ίδιο προσχέδιο νόμου με την κατοχύρωση δικαιώματος παρακολούθησης δύο ακαδημαϊκών τμημάτων, προβλέπονται αλλαγές αναφορικά και με τα μετυπτυχιακά προγράμματα.
Αναλυτικότερα, ο Υπουργός Παιδείας κ. Γαβρόγλου γνωστοποίησε πως όλοι οι φοιτητές πρέπει να συμμετέχουν στα Μεταπτυχιακά Προγράμματα, ανεξαρτήτως οικονομικής κατάστασης. Για αυτό θα δημιουργηθούν δωρεάν Μεταπτυχιακά των οποίων η χορήγηση θα προσμετράται θετικά για το ακαδημαϊκό τμήμα που τα προσφέρει.
Σε πρώτη φάση, θα τεθούν κριτήρια παροχής των εν λόγω Μεταπτυχιακών προγραμμάτων. Εφόσον, το ποσοστό των φοιτητών που πληρούν τα συγκεκριμένα κριτήρια, περάσει το 40%, τότε θα εξεταστεί η οικονομική ενίσχυση του ιδρύματος μέσω κρατικής χορηγίας.
Πέραν των ανωτέρω, παρέχεται η δυνατότητα απαλλαγής φοιτητή από τα τέλη φοίτησης με παροχή επικουρίας αποκλειστικά ακαδημαϊκού περιεχομένου στο ίδρυμα. Από την πλευρά τους, τα ιδρύματα καλούνται να καλύπτουν τις λειτουργικές τους ανάγκες πρωτίστως από τα λοιπά μέσα χρηματοδότησης και μόνο αν αυτά δεν επαρκούν μπορούν να επιβάλουν τέλη φοίτησης. Τα ιδρύματα στην απόφαση ίδρυσης ΠΜΣ καλούνται να καταθέσουν ειδική αιτιολόγηση της τυχόν ανάγκης επιβολής τέλους φοίτησης, καθώς και του ύψους του τέλους αυτού σε αναλογία προς τις πάσης φύσεως παροχές προς τους φοιτητές.
Καταληκτικά, δίνεται η δυνατότητα στο 1/3 των μελών ΔΕΠ του οικείου Τμήματος να αντιλέξει σε περίπτωση που θεωρεί ότι το οριζόμενο στην εισήγηση τέλος φοίτησης είναι υψηλό και αυτό δημιουργεί απαίτηση από την Σύγκλητο να αποφανθεί αιτιολογημένα επ’ αυτών των αντιρρήσεων.