Σύμφωνα με το πόρισμα της Συνόδου των Πρυτάνεων, το σχέδιο νόμο του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων για τις Μεταπτυχακές Σπουδές κρίνεται αρνητικά για ποικίλους λόγους ενώ οι Πρυτάνεις αιτούν την επανεξέταση του.
Η Σύνοδος, η οποία συγκλήθηκε εκτάκτως τόνισε πως το εν λόγω σχέδιο νόμο, καταρρίπτει το Αυτοδιοίκητο των Πανεπιστημίων και εισχωρεί σε εσωτερικά ακαδημαϊκά ζητήμα διοίκησης και οργάνωσης. Παράλληλα, επισήμανε πως οι Αρμόδιοι των Υπουργείου δεν έλαβαν στο ελάχιστο υπόψην τους την ακαδημαϊκή και μεταπτυχιακή πορεία κάθε ιδρύματος, προσπαθώντας να εισηγηθούν κάτι εντελώς διαφορετικό που δεν συνάδει με την ως τώρα εμπειρία των Πανεπιστημίων.
Αναφέρθηκε, επίσης, πως το σχέδιο νόμου δεν καθορίζει με σαφήνεια τα κριτήρια των Μεταπτυχιακών καθώς και τις μεθόδους αξιολόγησης με απότερο αποτέλεσμα την υποβάθμιση των Μεταπτυχιακών προγραμμάτων. Όλη αυτή η διαδικασία, μπορεί να φέρει επίσης, αύξηση της πιθανότητας φυγής των φοιτητών στο εξωτερικό. Επιπρόσθετα, τονίστηκε και η τεράστια έλλειψη πόρων για την επίτευξη των μεταπτυχιακών προγραμμάτων που δεν λύνεται ούτε με αυτό το νομοσχέδιο.
Καταληκτικά, το ψήφισμα των Πρυτάνεων που διενεργήθηκε την 1η Οκτωβρίου 2016 υπογραμμίζει πως πρέπει να οριστούν και τα οικονομικά κριτήρια των μεταπτυχιακών με βάση τον νόμο της ανταποδοτικότητας και πως κύριο μέλημα του Υπουργείου θα πρέπει να είναι η ενίσχυση των οικονομικά ασθενέστερων φοιτητών του κοινωνικού ιστού.